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手数料

M&Aにかかる費用の全体｜仲介手数料のほか、デューデリジェンス・専門家・税

会社を売るときにかかりうる費用を、仲介・FAの手数料、デューデリジェンス、弁護士・税理士などの専門家、登記や許認可、税に分けて一覧にしました。国の登録データで数えた着手金などの中央値と、補助金の対象になる費用も載せています。

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書いた人

M&A仲介の通信簿 編集部

国の「M&A支援機関登録制度」の届出を毎月取り込み、仲介会社の手数料を同じ条件で計算して載せています。記事は中小企業庁のガイドラインなど公的な資料にもとづいて書き、仲介や交渉、価格や税の助言はしません。

封筒・虫眼鏡を載せた書類・天びん・電卓が一列に並ぶ机を、社長と案内役が順に見渡しているアイソメトリックのイラスト
社長

会社を売るときのお金は、仲介会社の手数料だけだと思っていました。デューデリジェンスや税理士、税金にもお金がかかると聞いて、全体がつかめません。

案内役

手数料のほかに、専門家への費用、手続きの費用、税があります。まず全体を一覧で見て、くわしいところはそれぞれの記事にご案内します。

先に結論

  • 会社を売るときのお金は、仲介会社・FAの手数料、専門家の費用、登記などの手続きの費用、税に分けられます。どれがかかるかは、売り方と頼む先で変わります
  • 国の登録データ（2026年10月12日取得）では、仲介の届出の中央値は、着手金50万円・中間金50万円・月額報酬10万円（いずれも税抜）、最低手数料300万円でした。成功報酬のほかに着手金などのどれかがある機関は、約6割（1,811機関）です
  • デューデリジェンスは主に買い手が専門家に頼む調査で、売り手には資料をそろえる手間がかかります。売り手が自分で頼むこともありますが、中小M&Aでは少ないとされています（中小M&Aガイドライン47・114ページ）
  • デューデリジェンスや士業の費用は、国の資料に金額の目安がありませんでした。見積りを取って確かめます
  • 税は、株式譲渡なら株主である社長個人に、事業譲渡ならまず会社にかかります（中小M&Aガイドライン118ページ）。税額は税理士に確かめてください
  • 事業承継・M&A補助金の専門家活用枠（16次公募・受付は2026年11月6日17時まで）では、登録した仲介・FAの手数料、デューデリジェンス、弁護士の契約書の確認、司法書士の登記などの費用が補助の対象になりえます
  • 手数料と手元に残る額は、譲渡額3,000万円で計算すると機関ごとに見られます。月額報酬は足していません

会社を売るときにかかりうるお金の一覧

売るときの費用を、仲介の手数料・専門家の費用・税に分けて、契約の前に書面で確かめることを示した図
社長

全部で、どんなお金があるのですか。

案内役

国の資料に出てくるものを並べました。全部がかかるわけではありません。

お金の種類 主な払う相手 売り手に関わる場面 国の資料の金額の目安
着手金・月額報酬・中間金・成功報酬 仲介会社・FA 頼むとかかる。形は機関ごとに違う 届出の金額と、ガイドラインの計算例がある
デューデリジェンス 公認会計士・弁護士など ふつうは買い手が頼む。売り手は資料をそろえる なし
会社の値段の算定 公認会計士・税理士・FAなど 仲介・FAの業務に入るか、別に頼むか なし
契約書の作成・確認 弁護士 基本合意書・最終契約書など なし
M&Aの相談の報酬 顧問の税理士など ふだんの顧問の範囲の外になるとき なし
登記・許認可・労務の手続き 司法書士・行政書士・社会保険労務士 事業譲渡や、不動産・担保が関わるとき なし
別の意見（セカンド・オピニオン） 別の支援機関・士業 契約や条件に迷うとき 事業承継・引継ぎ支援センターへの相談は無料
税 国・都道府県・市町村 売り方で、納める人と種類が変わる 率は国税庁などが公表

中小M&Aガイドライン（第3版）と16次公募の公募要領（63〜64ページ）から作りました。ガイドライン（87ページ）は、仲介者・FAに、契約の前に「手数料以外に依頼者が支払うべき費用（費用の種類、支払時期等）」も書面で説明するよう求めています。ほかの専門家の費用は、それぞれに見積りを取ります。

仲介会社・FAに払う手数料

社長

手数料は、成約したときの成功報酬だけではないのですね。

案内役

機関によっては、契約のとき・毎月・基本合意のときにもかかります。国のデータで、どのくらいの機関にあるかを数えました。

ガイドライン（63ページ）は、仲介者・FAの手数料には一般的な法の決まりがなく、着手金・月額報酬・中間金・成功報酬のどれを設けるかは各社によるとしています。仲介の業務がある2,978機関の、売り手側の届出を数えた結果です（2026年10月12日取得）。

お金 主に払う時期 「あり」と届け出た機関 金額の中央値（税抜）
着手金 契約のとき 1,240（41.6%） 50万円
月額報酬 毎月 303（10.2%） 10万円
中間金 基本合意のときなど 889（29.9%） 50万円
成功報酬 クロージングのときなど 2,949（99.0%） 最低手数料で300万円

金額の中央値は、金額まで届け出た機関で数えました。最低手数料は、入力の誤りとみられる10億円以上の3件を除いた2,506機関の中央値です。FAの売り手側で最低手数料を届け出た2,687機関も、中央値は300万円でした。

成功報酬のほかに、着手金・中間金・月額報酬・タイムチャージのどれかがある機関は1,811で、手数料の詳細を届け出た2,973機関の60.9%でした。成功報酬だけの「いわゆる完全成功報酬型」（ガイドライン39ページ）は1,162機関です。交通費などの実費を別に請求されることもあります（63ページ）。

実際に払われた額は、国の集計で見られます。2024年度の売り手側の案件で、株式の譲渡額に対する報酬の合計（着手金・中間金・成功報酬）の割合の中央値は、譲渡額1千万円超〜2千万円以下で31.3%、5千万円超〜1億円以下で16.6%、3億円超〜5億円以下で6.1%でした。譲渡額が小さいほど、手数料の割合は大きくなります。

成功報酬の計算はレーマン方式とは？計算のしかたに、着手金などの扱いはM&Aの着手金・中間金・月額報酬とは？に、届出で見た相場はM&A仲介の手数料の相場にまとめています。

デューデリジェンスの費用は、ふつう買い手が払う

社長が棚から書類のファイルを出して机に並べ、隣で案内役が一緒に確かめている場面
社長

デューデリジェンスの費用が高いと聞きました。売る側が払うのですか。

案内役

ガイドラインでは、デューデリジェンスは主に買い手が専門家に頼んで行う調査です。売り手にかかるのは、主に資料をそろえる手間です。

デュー・ディリジェンス（DD）は、主に買い手が、売り手の会社の財務・法務・事業・税務などの実態を、FAや士業などの専門家を使って調べる工程です。ガイドライン（47ページ）は、通常は買い手が専門家に調査を頼み、どの調査をするかは買い手の意向に従うとしています。

調査 主に関わる専門家 主に調べること ページ
財務DD 公認会計士 資産・負債などの財務 111・114
法務DD 弁護士 株式・会社組織、重要な契約、人事・労務、紛争、許認可など 126
税務DD 税理士など 過去の申告の誤りによる追徴課税などの税のリスク 119
ビジネス（事業）DD 中小企業診断士など 商流や収益の構造、事業の将来性 122

中小M&Aでは、買い手が専門家の費用をかけた本格的なDDをせず、数年分の税務申告書の確認と社長への聞き取りだけで終えることもあるとされています（47ページ）。

売り手は、買い手から多くの資料を求められるのが一般的です。小さな会社では帳簿や規程が整っていないことが多いので、早くから書類を整えるよう促すことが、仲介者・FAに求められています（95ページ）。DDが十分でないと、売り手が最終契約で負う表明保証の範囲や補償の負担が増えることにつながりうる、とも書かれています（48ページ）。くわしくは表明保証とはをご覧ください。

売り手が自分で専門家に頼む「セラーズDD」もあります。売る前に財務の問題点や必要な資料を整理するための財務DD（中小M&Aでは少ない。114ページ）や、例外的に売り手が弁護士に頼む法務DD（126ページ）です。その費用は売り手が払います。

両方から依頼を受ける仲介者は、DDを自ら行わず、手伝うのは資料の整理や日程の調整までです（90・95ページ）。DDの費用は仲介の手数料とは別に、頼む側（ふつうは買い手）が専門家に払います。

弁護士・税理士などの費用と、会社の値段の算定

社長

顧問の税理士に相談すれば、顧問料の中で見てもらえますか。

案内役

M&Aの仕事は、ふだんの顧問の範囲の外になることがあります。ガイドラインは、前もって報酬を確かめるよう書いています。

  • 顧問の税理士： M&Aの仕事が顧問の範囲の外になるときは、前もって業務の中身や報酬を説明して了承を得ることも必要で、別の報酬が相当な場合も多いとされています（116ページ）。社長の側にも、顧問料とは別に報酬を払うことがあるので前もって確かめるよう書かれています（38ページ）
  • 弁護士： 契約書が合意した中身を正しく表しているかは社長が自分で判断しにくいこともあるので、弁護士が作成・確認を支援することが望ましいとされています（125ページ）。最終契約は、最終的に双方が弁護士などに確認を頼むことが推奨されています（90ページ）
  • 公的な窓口： 事業承継・引継ぎ支援センターへの相談（セカンド・オピニオンを含む）は無料で、センターが紹介する外部の専門家は有料です（61・66ページ）

会社の値段の算定（バリュエーション）は、仲介・FAの業務に入っていることも、入っていないこともあります（38ページ）。両方から依頼を受ける仲介者は確定的な算定をせず、簡易な概算を示すときは確定的なものではないと示すこととされています（93ページ）。

公認会計士は、依頼を受けて会社の値段の算定を行います（111・113ページ）。ガイドライン（119〜120ページ）は、中小M&Aでは時価純資産法で算定されることが多く、これに似た相続税の株式の評価の方法は税理士の知識でも対応できるとしています。費用がかからない国の「株式価値の簡易計算」は、会社はいくらで売れる？で紹介しています。

ここに挙げた専門家の費用も、国の資料に金額の目安はありませんでした。頼む前に、業務の範囲と見積りを書面でもらっておけます。専門家ごとの役割はM&Aアドバイザーの資格と登録にまとめています。

登記・許認可・社員の手続きの費用

社長

登記や役所の手続きにも、お金がかかりますか。

案内役

売り方で、手続きの量が変わります。会社ごと引き継ぐ株式譲渡より、事業を切り分けて渡す事業譲渡の方が、手続きが多くなります。

株式譲渡は、株主が変わり、会社そのものは続く売り方です（48ページ）。ガイドライン（118ページ）は、一般的に許認可の取り直しや登記の手続きなどが要らず、手続きが簡単だとしています。

事業譲渡は、移す財産を一つずつ決め、不動産の登記などの手続きや、許認可の取得が要ります（49ページ）。不動産を取得する側には不動産取得税・登録免許税がかかり、許認可は原則として取り直しになります（118ページ）。

許認可は行政書士、登記は司法書士、労働・社会保険は社会保険労務士が関わることも多いとされ（130ページ）、仲介・FAの業務の例でも、登記は司法書士などに任せる形です（90ページ）。不動産を含む事業譲渡などでは、最終契約の前の早い時期に、司法書士に必要な書類を確かめておくことが望ましいとされています（129〜130ページ）。これらの費用をどちらが負担するかは、確かめた国の資料には書かれていませんでした。最終契約の案で確かめておけます。業種ごとの許認可の扱いは、建設業のM&A（事前の認可で引き継げる）・運送業のM&A（国の認可で引き継ぐ）・介護事業のM&A（指定を受け直す）にまとめています。

税は、売り方で納める人が変わる

社長

売ったあとの税金は、誰が払うのですか。

案内役

株式を売るか、事業を売るかで、代金を受け取る人と税の種類が変わります。このサイトは税の計算や助言はしないので、しくみの違いだけを並べます。

売り方 代金を受け取る人 ガイドラインに書かれている主な税
株式譲渡 株主（多くは社長個人） 譲渡益に分離課税（税率20.315%）で、課税関係が終わる
事業譲渡 会社 会社の益金に法人税など。減価償却資産などの譲渡は消費税の課税売上。社長が配当や役員報酬で受け取るときは総合課税（税率15.105%〜55.945%）
役員退職慰労金 退職する社長など 分離課税。事業譲渡とあわせて検討されることもある

表は中小M&Aガイドライン（118ページ）の記述です。社長個人に所得が出ると、会社の社会保険に入っていないときは国民健康保険料などにも影響があるとされています（117ページ）。

契約書の印紙税もあります。株式譲渡契約書は一般に印紙税のかからない文書で、代金を受け取った旨の記載があると課税文書になります（118ページ）。国税庁の一覧表（令和8年4月1日現在の法令等）では、「営業の譲渡に関する契約書」は契約金額で税額が決まります（1千万円を超え5千万円以下は2万円）。個々の契約書の扱いは、税務署か税理士に確かめてください。

税のしくみは会社を売却したときの税金と手取りにまとめています。実際の税額は、税理士に確かめてください。

費用の一部を国の補助金で賄える場合

社長

専門家の費用に、補助金は使えますか。

案内役

事業承継・M&A補助金の専門家活用枠で、多くの費用が対象になりえます。ただし、頼む先と契約の時期に条件があります。

16次公募の専門家活用枠の公募要領（2026年9月・Ver.1.0）で確かめた主な点です。申請の受付は、2026年10月2日から11月6日17時までです（26ページ）。

補助の対象の経費は、謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料・保険料などに分かれます（20ページ）。会社を売るときの専門家の費用の多くは「委託費」に入ります。公募要領（63〜64ページ）の表から、売り手に関わりの深いものを抜き出しました。

費用 払う相手の例 補足
着手金・月額報酬・中間金・成功報酬・価値の算定 仲介・FA M&A支援機関登録制度に登録した仲介・FAのものだけ
デュー・ディリジェンス 各専門家 仲介者が行うものは除く。DDだけを行う士業などは登録が要らない
最終契約書などの作成・確認、クロージングの手続き 弁護士 弁護士に頼んだ費用
不動産売買・定款変更・根抵当権の登記 司法書士 最終契約書に基づく登記の事務費用
許認可などの申請 行政書士 最終契約書に基づいて取る許認可
労務の手続き 社会保険労務士 最終契約に基づく手続き
セカンド・オピニオン 頼んだ専門家とは別の支援機関 意見を求める費用

売り手が手配した表明保証の保険料や、マッチングサイトの利用料も対象になりえます（20・66ページ）。仲介・FAとの契約の前のコンサルティングの費用、申請を行政書士に頼む費用、クロージングのあとの費用などは対象外です（64ページ）。委託費は、原則として2者以上から見積りを取る決まりです（65ページ）。

売り手支援類型の上限は600万円で、DDをするときは200万円が上乗せされます（21ページ）。小規模売り手支援類型の上限は450万円です（同類型の公募要領 20ページ）。

手数料と手元に残る額を計算機で見る

社長

結局、手元にいくら残るのかを知りたいのですが。

案内役

手数料までは、計算機で機関ごとに出せます。月額報酬、専門家の費用、税は、その結果から自分で引いて考えます。

このサイトの手取りの計算機は、仲介の売り手側の届出（料率表・最低手数料）から、機関ごとの手数料（税込）と、譲渡額から手数料を引いた額を出します。「成功報酬に含まない」と届け出た着手金・中間金は足しています（どちらかが当てはまる機関は831）。

月額報酬は、払う月の数が契約で変わるので、計算機の合計に入れていません。ガイドラインの事例3（67ページ）は、譲渡額3,000万円の事業譲渡で、着手金55万円、月額報酬44万円（10万円×4か月）、成功報酬330万円の合計429万円（税込）でした。月額報酬がある機関では、計算機の結果から「月額報酬×月数」も引いて考えます。

株式譲渡のときは、次のように考えます。

手元に残る額 ＝ 譲渡額 − 手数料（計算機） − 月額報酬 − 専門家の費用 − 税

金額を変えると、手数料の重さが変わります。譲渡額5,000万円で計算する・譲渡額1億円で計算すると比べてみてください。

よくある質問

社長 デューデリジェンスの費用は、売り手も払うのですか？
案内役

DDは主に買い手が専門家に頼む調査で、ガイドライン（47ページ）も、通常は買い手が専門家に調査を頼むとしています。売り手には、資料をそろえる手間がかかります。売り手が自分で財務や法務のDDを頼むセラーズDDもあり、その費用は売り手が払います。

社長 会社が売れなかったら、費用はかかりませんか？
案内役

成約の前に払う着手金・月額報酬・中間金は、成約しなくても返さないと取り決めることがあります。国の重要事項説明書のひな形にも、「返還」を書く欄があります（参考資料11 6ページ）。補助金の売り手支援類型では、期間の中に成約しなかったとき、原則としてDDの費用とマッチングサイトの利用料が対象になります（16次公募の公募要領 34ページ）。中間金や途中の解約で食い違った例はM&A仲介のトラブルと国の注意にまとめています。

社長 費用の見積りは、いつ分かりますか？
案内役

仲介・FAの手数料と、手数料のほかに払う費用は、契約の前に書面で説明を受けられます（ガイドライン87ページ）。DDや士業の費用は、頼む範囲を決めてから見積りを取ります。

社長

手数料のほかにも、専門家や手続き、税のお金があるのですね。まず仲介会社の届出を見て、専門家には見積りを頼んでみます。

案内役

手数料は計算機で、専門家の費用は見積りで、税は税理士に、と分けて確かめてください。どの費用を誰が払うかは、契約の前に書面で確かめられます。

このデータについて

  • 費用の種類と専門家の役割は中小M&Aガイドライン（第3版・2024年8月。ページはPDFのページ）で、補助金は16次公募の専門家活用枠の公募要領（2026年9月・Ver.1.0）で、2026年10月13日に確かめました。補助の条件は公募の回ごとに変わることがあります
  • 印紙税は国税庁のタックスアンサー No.7140で、報酬の割合はM&A支援機関登録制度HP「登録支援機関を通じた中小M&Aの集計結果」（2024年度。報告のあった成約の案件だけ）で、2026年10月13日に確かめました
  • 機関の数と金額は、M&A支援機関登録制度HP 登録支援機関データベースを加工して作成しました（取得日 2026年10月12日）。データは各機関の届出（自己申告）です。金額の中央値は金額を届け出た機関で数え、入力の誤りとみられる届出（着手金・中間金で1億円以上の3件、最低手数料で10億円以上の3件）を除きました
  • このサイトは、仲介・交渉、価格や税、補助金の申請についての助言は行いません。正式な金額は各機関や専門家に確かめてください

出典